Kolegij Zaštita bilja u ekološkoj poljoprivredi daje pregled temeljnih znanja iz svih područja «ekološke zaštite», odnosno zaštite bilja primjenom mjera koje uz stručnu primjenu nisu opasne za ljude i korisne organizme, koje ne onečišćuju okoliš, koje minimalno narušavaju uspostavljenu ravnotežu organizama i što manje negativno djeluju na raznolikost vrsta u prirodi. U sklopu modula obradit će se sljedeće mjere: dobra stručna (gospodarska) praksa, karantenske mjere, uzgoj otpornih kultivara, plodosmjena, agrotehničke mjere, mehaničke i fizičke mjere, biološke mjere te primjena biopesticida u poljoprivredi, primjena ekološki prihvatljivih kemijskih sredstava.